Řídicím orgánem Operačního programu Spravedlivá transformace je Ministerstvo životního prostředí. Zprostředkujícím subjektem je Státní fond životního prostředí. Dohled nad programem vykonává monitorovací výbor.

Monitorovací výbor průběžně posuzuje:

Zároveň monitorovací výbor schvaluje některé důležité dokumenty:

Monitorovací výbor se skládá ze zástupců řídicího orgánu, zprostředkujícího subjektu a zástupců partnerů (ministerstva, krajů, obcí, nestátních neziskových organizací, profesních organizací apod.). Každý člen monitorovacího výboru má hlasovací právo. Evropská komise se účastní činnosti monitorovacího výboru jako poradce.

V případě dotazů k monitorovacímu výboru lze využít e-mail mv.opst@mzp.cz.