Pro příjemce účtující dle vyhlášky o rozpočtové skladbě, může být problém částku paušálu přiřadit k investičním výdajům a tato problematika byla diskutována napříč operačními programy i se zástupci MF a Finanční správy.
Výsledkem dohody byla informace, že přijaté finanční prostředky paušálu nad rámec skutečných výdajů případně takové, které není možné k reálnému výdaji v účetnictví přiřadit, zůstávají příjemci pro jeho využití, aby je využil na podporu opatření souvisejících s plněním účelu projektu, které nebude nadále předmětem kontroly.
Podrobné principy kontroly nepřímých nákladů prováděné ze strany finančních úřadů jsou uvedeny v přiloženém dokumentu:
